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包頭市腫瘤醫院根據其主要任務,內設36個科(部、室):辦公室、黨委辦公室、人事科、保衛科、財務科、總務科、審計科、信息科、醫務科、護理部、門診部、預防保健科、工會、醫???、質量控制科;內一科、內二科、中西醫結合科、外一科、外二科、外三科、中醫腫瘤科、超聲科、頭頸外科、婦瘤科、手術麻醉科、腫瘤防???、急診科、放療科、口腔科;放射科、檢驗科、同位素科、病理科、藥劑科、器械科。